多數生物技術的應用過程需要使用生物反應器。所謂生物反應器就是指為活細胞或酶提供適宜的反應環境，讓它們進行細胞增殖或生產的裝置系統。目前發酵工業中廣泛使用的發酵罐就是一種生物反應器。由于生物反應器的使用具有能耗低，能在常溫常壓下進行以及對環境污染小等優點，人們越來越多地把原來用化學方法合成的產品轉為利用生物反應器進行生物合成。